1994年，《中华人民共和国计算机信息系统安全保护条例 》（国务院147号令）规定，“计算机信息系统实行安全等级保护，安全等级的划分标准和安全等级保护的具体办法，由公安部会同有关部门制定”。该条明确了三个内容：一是确立了等级保护是计算机信息系统安全保护的一项制度；二是出台配套的规章和技术标准；三是明确了公安部的牵头地位。
2003年，《国家信息化领导小组关于加强信息安全保障工作的意见》（中办发[2003]27号）明确指出“实行信息安全等级保护”。“要重点保护基础信息网络和关系国家安全、经济命脉、社会稳定等方面的重要信息系统，抓紧建立信息安全等级保护制度，制定信息安全等级保护的管理办法和技术指南”。标志着等级保护从计算机信息系统安全保护的一项制度提升到国家信息安全保障一项基本制度。同时中央27号文明确了各级党委和政府在信息安全保障工作中的领导地位，以及“谁主管谁负责，谁运营谁负责”的信息安全保障责任制。
2004年9月，公安部会同国家保密局、国家密码管理局和国务院信息办四部门联合出台了《关于信息安全等级保护工作的实施意见》（公通字[2004]66号）。
2006年上半年，公安部会同国信办在全国范围内开展了信息系统安全等级保护基础调查。调查对象共计65117家单位，涉及115319个信息系统。通过基础调查，基本摸清和掌握了全国信息系统特别是重要信息系统的基本情况，为制定信息安全等级保护政策奠定了坚实的基础。
2006年6月，四部门联合下发了《关于开展信息安全等级保护试点工作的通知》（公信安[2006]573号）。在13个省区市和3个部委联合开展了信息安全等级保护试点工作。通过试点，完善了开展等级保护工作的模式和思路，检验和完善了开展等级保护工作的方法、思路、规范标准，探索了开展等级保护工作领导、组织、协调的模式和办法，为全面开展等级保护工作奠定了坚实的基础。
2007年6月，四部门联合出台了《信息安全等级保护管理办法》（公通字[2007]43号，以下简称《管理办法》），明确了信息安全等级保护制度的基本内容、流程及工作要求，明确了信息系统运营使用单位和主管部门、监管部门在信息安全等级保护工作中的职责、任务，为开展信息安全等级保护工作提供了规范保障。
2007年7月，四部门联合出台了《关于开展全国重要信息系统安全等级保护定级工作的通知》（公信安[2007]861号），并在北京联合召开了“全国重要信息系统安全等级保护定级工作电视电话会议”，部署在全国范围内开展重要信息系统安全等级保护定级工作。评估中心制定的四个标准《信息系统安全等级保护定级指南》、《信息系统安全等级保护基本要求》、《信息系统安全等级保护实施指南》、《信息系统安全等级保护测评要求》报批稿作为文件附件在试点工作中使用。
2009年10月，公安部出台了《关于开展信息安全等级保护建设整改工作的指导意见》（公信安[2009]1429号），并对中央和国家机关九十多个部委和直属机构等进行了等级保护建设整改工作培训，评估中心对建设整改工作的技术方法和流程进行了培训。同年，公安部以（公信安[2009]1487号）文件的形式下发了由评估中心编写的《信息系统安全等级保护测评报告模板（试行）》。
2010年4月，公安部出台了《关于推动信息安全等级保护测评体系建设和开展等级测评工作的通知》（公信安[2010]303号），要求2010年底前完成等级测评体系建设工作，2011年底前完成三级以上信息系统的等级测评工作，2012年底前完成三级以上信息系统的建设整改工作。在《信息安全等级保护测评工作管理规范（试行）》文件中明确规定，公安部信息安全等级保护评估中心负责测评机构的能力评估和培训。
2010年12月，公安部和国务院国有资产监督管理委员会联合出台了《关于进一步推进中央企业信息安全等级保护工作的通知》（公通字[2010]70号），要求中央企业贯彻执行等级保护工作。